Kuşadası şehir merkezinden 8 km uzaklıktaki Kadı Kalesi Anaia yerleşimi; Ege deniz ticaretinde çok önemli bir role sahip olan Samos Boğazı’nı denetleyecek bir noktaya kurulmuştur. Kadı Kalesi/Anaia Höyüğü Prehistorik dönemden Osmanlı’ya kadar çok uzun bir zaman aralığında  iskan görmüştür. Kazılar sırasında ele geçen çanak çömlek buluntuları buradaki ilk yerleşimin günümüzden yaklaşık 6000 yıl önceye kadar gittiğini göstermektedir.

12.yy‘a ait kalenin içinde ilk kez 2005 yılında ortaya çıkarılmaya başlayan bir kilise-manastır kompleksi, görkemli boyutları ve benzersiz alt yapısıyla Anaia’nın Bizans dönemindeki  önemini göstermektedir. Kadı Kalesi / Anaia Höyüğü’ndeki bilimsel kazılar Kültür ve Turizm Bakanlığı’nın ve Kuşadası Belediyesi’nin destekleri ile 2001 yılından bu yana Ege Üniversitesi Sanat Tarihi Bölümü’nden bir ekip tarafından özveriyle sürdürülmektedir.